「輸入食品查驗辦法」於九十年十二月十四日公布實施以來，有鑑於國際間食品貿易日益頻繁，輸入食品之衛生安全問題亦日趨複雜，現行「輸入食品查驗辦法」之規定已不敷需求，為有效管理輸入食品之衛生安全及品質，以維護國民健康及消費權益，爰參考先進國家之相關規範，並衡酌實際業務運作情況，檢討並修正「輸入食品查驗辦法」，其修正要點如次：
一、 強化輸入產品通關後之追溯管理
明訂報驗義務人申請查驗時應檢具正確完整之文件資料，以供中央主管機關及查驗執行機關建立輸入產品之追溯性，俾利加強管理（修正條文第三條第一項、第二項及第十九條第二項）。
二、 訂定以風險管理為基礎之年度查驗計畫
中央主管機關將依據違反食品衛生管理法之風險程度，訂定輸入產品年度查驗計畫，明列輸入產品查驗方式類別及重點檢驗項目（修正條文第七條第一項第二款、第八條第一款、第九條第一款及第十條第一項第一款）。
三、 改進查驗方式以促使業者加強衛生自主管理
將抽批查驗進一步區分為一般抽批查驗及加強抽批查驗，分別調整其抽中批之機率範圍為百分之二至百分之五，及百分之二十至百分之五十，並明訂調降查驗等級之門檻，以促使業者加強衛生自主管理（修正條文第六條第二款、第八條第二款、第九條第二款及第十條第二項）。
四、加重違規業者之責任
（一） 列屬逐批查驗之輸入產品，報驗義務人申請查驗時應檢附試驗分析報告，且另自付檢驗費用（修正條文第六條第一款及第七條）。
（二） 對於一再輸入不符規定產品之報驗義務人、產地或國家，得要求相關業者或出口國政府機關提出改善計畫，甚至暫停其申請輸入查驗，直至確認問題可獲改善，始得恢復受理輸入查驗申請（修正條文第十一條、第十二條）。
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