我國地處亞熱帶地區，加上地狹人稠，養畜禽及水產養殖業多為密集飼養型態，禽畜水產動物飼養過程中發生的疾病，會使用到藥品來預防或治療動物疾病，常見的動物用藥類別有氯黴素類、磺胺劑類、抗原蟲類、硝基呋喃代謝物、四環黴素類及β-內醯胺類等，農友謹慎合理使用動物用藥品，除可避免藥物殘留所造成的食品安全疑慮，亦可確保動物健康，進而降低人類接觸受汙染食品的致病風險。
為管控動物用藥品之使用，行政院農業委員會訂有「動物用藥品管理法」，針對動物用藥品之使用對象、用途、用法、用量、停藥期及使用上應注意事項進行規範，業者使用藥品應遵照該核准範圍。同時，為保障民眾健康，依據藥品殘留風險，衛生福利部訂有「動物用藥殘留標準」，針對藥品殘留於可食用動物的種類及部位，訂定安全的殘留容許量規範。
為監控業者確實依法使用動物用藥品，以及生產、進口及販售食用動物產品之藥物殘留量在政府規定的標準範圍內，行政院農業委員會動植物防疫檢疫局每年督導地方動物防疫機關與用藥稽查採樣小組於養畜禽場、肉品市場與屠宰場採樣送驗；行政院農業委員會漁業署及水產試驗所每年辦理上市前水產品檢驗；衛生福利部食品藥物管理署及地方衛生機關亦每年針對國產及進口的食用動物產品，依風險高低，於消費市場及邊境執行食品中動物用藥殘留的監控計畫。
對於養畜禽及水產養殖業者與食品業者如有違法用藥及製造販售不合格產品，政府均依法處辦，追查供應來源及殘留原因，同時加強業者輔導改善，將民眾因食用動物產品而攝入動物用藥的風險降至最低，讓民眾食在安心。
消費者如何選購優質農畜水產品呢？近來，行政院農業委員會大力推廣三章ㄧQ農產品，所謂三章ㄧQ農產品分別為有機農產品、產銷履歷農產品、CAS台灣優良農產品等標章，以及具有台灣農產品生產追溯QR Code的農產品，透過相關管理系統的驗證，確保生產出更高優質的農畜水產品，同時也讓消費者可以知道食材的來源。下次去採買食材的時候，不妨選購具有政府認證標章及生產追溯的三章ㄧQ農產品，鼓勵在地產業升級並且吃的更放心。