本協會設董事會，置董事23至25人，董事由下列人員擔任之：

1. 行政院農業委員會畜牧處、動植物防疫檢疫局、漁業署、農糧署及林務局代表各1人。
2. 衛生福利部食品藥物管理署代表1人。
3. 財團法人食品工業發展研究所代表1人。
4. 財團法人中央畜產會代表1人。
5. 學者專家2至3人。
6. 本協會捐助廠商代表11至12人。
7. 消費者團體代表1人。
8. 通路業者代表1人。

本協會之董事任期3年，連選或連聘均得連任。
另本協會置常務董事9人，由董事互選之，並由常務董事中互選一人為董事長，對外代表本協會並綜理本協會一切業務。

董事會之職權如下：

1. 年度業務計畫與業務報告之核定。
2. 年度預算與決算之核定。
3. 章程修改之核定。
4. 重要人事之任免。
5. 董事與監察人之選聘與解任。
6. 財產之運用與處分。
7. 解散之擬議。
8. 其他重大事項之決定與處理。

本協會置監察人5至7人，由監察人互選1人為常務監察人，由下列人員擔任之:

1. 行政院農業委員會代表1人。
2. 捐助廠商代表及專家4至6人。

監察人之職權如下：

1. 查核業務、財務狀況及帳簿文件。
2. 查核年度決算及資金運用計畫。
3. 其他依職權應監察之事項。

監察人之任期、缺任及屆次產生之程序，準用有關董事之規定。