本協會設董事會,置董事23至27人,董事由下列人員擔任之:
- 行政院農業委員會畜牧處、動植物防疫檢疫局、漁業署、農糧署及林務局各1人。
- 行政院衛生署食品衛生藥物管理局1人。
- 財團法人食品工業發展研究所1人。
- 財團法人中央畜產會1人。
- 學者專家2至4人。
- 本協會捐助廠商13至15人。
本協會之董事任期3年,連選或連聘均得連任。
另本協會置常務董事9人,由董事互選之,並由常務董事中互選一人為董事長,對外代表本協會並綜理本協會一切業務。
董事會之職權如下:
- 年度業務計畫與業務報告之核定。
- 年度預算與決算之核定。
- 章程修改之核定。
- 重要人事之任免。
- 董事與監察人之選聘與解任。
- 財產之運用與處分。
- 解散之擬議。
- 其他重大事項之決定與處理。